Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) была образована Указом Президента Российской Федерации от 09 марта 2004 года № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти».

Впоследствии на основании Приказа Россельхознадзора от 24 января 2005 года № 4 «О создании территориальных органов Россельхознадзора» было создано Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) по Ростовской области.

В связи с изменением сферы деятельности и в соответствии с приказом Россельхознадзора от 19 декабря 2012 года №649 Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ростовской области переименовано в Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ростовской и Волгоградской областям и Республике Калмыкия.

Во исполнение приказа Россельхознадзора от 11 марта 2016 года № 139 Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ростовской и Волгоградской областям и Республике Калмыкия и Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Астраханской области с 27 июня 2016 года реорганизованы в Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ростовской, Волгоградской и Астраханской областям и Республике Калмыкия.

Управление, согласно Положения является территориальным органом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, обеспечения плодородия почв, семеноводства сельскохозяйственных растений, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений, лесных отношений (за исключением лесов, расположенных на землях особо охраняемых природных территорий), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных.